地域連携研究／国際交流／教育連携という“３つの柱”ごとに運営体制をおき、各業務を着実に遂行することで密接な連携を実現する。

地域連携 研究	地域連携研究面の取組を実施するのは「地域連携研究コンソーシアム大分」である。同コンソーシアムは、毎月各連携校から２名ずつ委員が参加する定例の運営協議会を開催しており、研究会や共同研究の運営方針、自治体や企業等との連携方針を定めている。
国際交流	留学生支援面の取組を実施するのは「NPO法人大学コンソーシアムおおいた」である。同コンソーシアムの議決機関は年１回開催される総会及び理事会である。実際の運営を担当するのは、大学等、経済団体、自治体、その他３団体から委員が参加し、年３〜５回開かれる運営委員会であり、時々の懸案事項について集中的に検討している。
教育連携	教育面の取組を実施するのは、各大学等の教務関係教員で立ち上 げる「教育連携コンソーシアム」（当初のワーキンググループから 発展的に移行）である。同コンソーシアムが動き出す際には、ワー キンググループを運営委員会に移行する。

　本取組終了前後には，上記の３つのコンソーシアムを発展的に統合した、新たな連携組織「高等教育コンソーシアム大分」（仮称）を設立する。従来の３組織は，新組織の部会として存続させ、過去のノウハウを継承しつつ、その後10年後をめどに大分地区における「地域の知の総合拠点」の運営組織に移行する。

　評価体制は自己評価と外部評価の２段階で構成する。「地域連携研究コンソーシアム大分」の運営協議会委員数名，「大学コンソーシアムおおいた」の運営委員会委員数名、及び大学教務関係教員数名からなる、「大学連携自己評価委員会」を設置し、第１次評価を実施する。その結果を，自治体関係者、産業界代表者、地域住民代表者，他地区の大学コンソーシアム関係者等から構成される「大学連携外部評価委員会」で審査し、第２次評価とする。評価結果は各コンソーシアム等を経由して、連携する大学等にフィードバックされ、各学長等のリーダーシップによって取組計画や組織編成の改善に反映させる。以上の評価体制を含む、高等教育コンソーシアム大分の実施体制を整理したのが次の図である。